L'histoire de Naruto Shippuden se déroule deux ans et demie après le départ de Naruto à Konoha. On y retrouve tous les personnages plus mûrs et plus âgés.
L'intrigue tourne autour des aventures de Naruto et Sakura à la recherche de Sasuke, parti de Konoha pour acquérir de nouveaux pouvoirs, mais on y découvre aussi les objectifs de l'Akatsuki.